我院博士生闫引桥与导师罗翔宇副教授合作在JASA发表高水平论文

我院2019级博士生闫引桥与其博导罗翔宇副教授合作的论文“Bayesian Integrative Region Segmentation in Spatially Resolved Transcriptomic Studies”被统计学顶刊Journal of the American Statistical Association接收。

论文概述

空间转录组学研究是近年来高速发展的一项生物学技术，它可以同时测量基因表达值并保留空间位置信息，为表征细粒度组织结构开辟了新的途径。在本文中，我们提出了一种非参数贝叶斯方法BINRES，其通过整合数据生成过程中三类数据（基因表达、空间坐标和组织学图像）来对组织切片进行区域分割。与仅部分利用这三类数据的统计学区域划分模型相比，BINRES 能够捕获更精细的区域结构，并且比基于神经网络的区域分割方法更具有解释性。具体来说，由于非参数空间先验的引入，BINRES不需要预先指定区域划分个数，而是可以从数据中自动学习得到。BINRE还在贝叶斯共识聚类框架下将图像数据和基因表达数据相结合，从而以数据自适应的方式灵活调整二者的标签对齐贡献权重。我们还开发了可扩展的模型BINRES-fast。模拟研究和对三个小鼠空间转录组数据集的实际应用表明，BINRES优于先有的顶尖空间转录组数据区域分割方法，且能轻松实现区域划分的不确定性量化。此方法的R 包位于https://github.com/yinqiaoyan/BINRES。

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作者简介

闫引桥，中国人民大学统计与大数据研究院2019级博士研究生。目前有一篇论文发表在计算统计学期刊Journal of Computational and Graphical Statistics，一篇论文被统计学顶刊Journal of the American Statistical Association接收。闫引桥曾于2023年6月参加了在清华大学举办的第二十四届京津冀青年概率统计学术研讨会，在会议上获得“钟家庆优秀论文”奖并作学术报告。他还受邀参加2023年7月在西南交通大学举办的国际泛华统计协会中国会议 (ICSA China) 和2023年11月在南开大学举办的南开统计论坛青年学者会议，并作邀请报告。闫引桥在博士学习期间成绩优异，多次获得博士生学业奖学金一、二等奖和博士生学习优秀奖学金二等奖。

罗翔宇，中国人民大学统计与大数据研究院副教授，博士生导师。研究领域包括贝叶斯统计、生物信息学、统计计算等。已在Journal of the American Statistical Association、Nature Communications、The Annals of Applied Statistics、Briefings in Bioinformatics等统计学或综合类国际一流期刊发表多篇论文，论文曾获美国统计学会W.J. Youden in Interlaboratory Testing奖。